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(주)엠디엑스케이는 고객의 연구 목적에 적합한 기술과 서비스를 제공합니다.

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RNA expression like you've never seen it before
RNA In Situ Hybridization

Advanced Cell Diagnostics는 조직 내에서 single cell 수준으로 유전자 발현을 시각화 할 수
있는 혁신적인 분석법을 제공합니다.

Technology

DNA, RNA 및 단백질과 같은 biomarker는 기본적인 세포 기능을 이해하고, 임상 질환을 진단하고, 최적의 치료법을 확인하는 강력한 도구로 활용됩니다. 특히, RNA는 유기체에서 발생하는 유전자 발현 변화의 이상적인 지표로 활용되고 있습니다.

RNAscope은 target-specific signal을 증폭시키기 위한 독점 probe design 알고리즘을 사용하여 세포 내에서 target RNA를 검출하는 새로운 in situ hybridization (ISH) 분석법으로 morphology와 분자적 분석을 동시에 제공함으로써 세포 간 상호 작용을 더 잘 이해할 수 있도록 하였습니다.

  • Double Z probes
    Hybridization on
    Specific Target

    SIGNAL AMPLICATION

  • Single Z Probe
    Hybridization On
    Non Target

    NO SIGNAL

RNAscope Probe는 특정 Target RNA서열에 결합하는 site와 signal amplification 단계에 사용되는 preamplifier에 결합하는 총 두개의 site로 구성되어 있습니다.
한쌍의 Z probe (double Z)가 결합을 하여야만 preamplifier가 결합하도록 되어 있어 비특이적 반응을 최소화할 수 있습니다.

  • Step 01

    Double Z target probes hybridize
    to the RNA target (~1kb)

  • Step 02

    Pre-amplifiers hybridize to
    the 28-base binding site
    formed by each double Z probe

  • Step 03

    Amplifiers are then binding to
    the multiple binding sites
    on each preamplifier.

  • Step 04

    Labeled probes, containing a fluorescent
    molecule or chromogenic enzyme,
    bind to the numerous binding sites on
    each amplifier.

보다 자세한 technology 정보는 아래의 논문에서 찾아보실 수 있습니다.

  • RNAscope : A Novel In Situ RNA Analysis Platform for Formalin-Fixed
    Paraffin-Embedded Tissues
    Wang F,Flanagan J, Su N, Wang LC, Bui S, Nielson A, Wu X, Vo HT, Ma XJ, Luo Y (2012)
    J of Mol Diagnostics, 14(1):22-29 PMID: 22166544
    doi:10.1016/j.jmoldx. 2011.08.002

  • Automated Quantitative RNA In Situ Hybridization for Resolution of Equivocal
    and Heterogeneous ERBB2 (HER2) Status in Invasive Breast Carcinoma
    Wang Z, Portier BP, Gruver AM, Bui S, Wang H, Su N, Vo HT, Ma XJ, Luo Y, Budd GT,
    Tubbs RR(2013)
    J of MolDiagnostics, 15(2):210-219 PMID: 23305306
    doi:10.1016/j.jmoldx. 2012.10.003

Workflow

  • STEP 01

    Permeabilize

  • STEP 02

    Hybridize

  • STEP 03

    Amplify

  • STEP 04

    Visualize

  • STEP 05

    Quantify

Video

Advantage / Features

  • 속도

    간편하고 빠른 실험 과정으로 하루에 결과를 볼 수 있습니다.

    약 8시간 내 결과 확인 가능합니다.

  • in situ

    세포 모양과 RNA 발현 정도를 동시에 볼 수 있습니다.

    Sample을 slide에 고정 한 후 RNA를 측정하기 때문에 세포 모양 유지하면서 RNA 발현 정도를
    동시에 확인 가능합니다.

  • 민감성

    Low level RNA expression 에서도 측정 가능합니다.

    Oligonucleotide probe를 Target RNA에 붙이고 증폭과정을 거치기 때문에 low level signal
    에서도 측정 가능합니다.

  • 정량화

    Single RNA molecule로 detection 되어 정량 할 수 있습니다.

    Signal 증폭으로 Sensitivity를 높여 single molecule, 즉 dot으로 detection 하여 눈으로 확인 할
    수 있습니다. (Single dot = Single molecule)

  • 맞춤 제작

    원하는 RNA의 Probe를 Design 할 수 있습니다.

    Target RNA sequence에 맞추어 probe를 제작 가능합니다.

  • 다양성

    Any Gene, Any Species, Any Tissue – One Assay

    다양한 유전자와 다양한 종, 다양한 조직에 적용가능합니다.

적용 가능한 Sample Type

Formlin-fixed, parafiin-embedded (including archival FFPE) Tissue-Microarrays (TMA)
Fixed-frozoen tissue Adherent cells
Fresh-frozen tissu Peropheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs)

Applications / Research Area

왜 RNAscope ISH를 사용해야할까요?

  • RNA is ideal biomarker

  • Detect mRNA for targets with no or
    poor antibodies

  • Detect LncRNAs no antibodies

  • Validates HT Transcroptmomic results

  • Complements qPCR results

  • Complements IHC data

Research Area

HALO Software by Indica Labs

ACD 테크놀로지를 활용하기 위한 가장 중요한 요소 중 하나는 이미지의 분석입니다.
이를 위하여 ACD는 강력한 Image Analysis Platform을 설계하는 Indica Lab과 협력하고 있습니다.
Indica Lab의 HALO software는 RNAscope image에서 유전자 발현을 single cell 수준에서 정량적으로 측정하여 객관적이고 정확한 데이터를 제공할 수 있습니다.

Resources

NGS validation with RNA in situ Hybridization

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