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  Zero-Mode
  Waveguides
• 
  Phospholinked
  Nucleotides
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  Up to a million ZMWs
  per SMRT Cell

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  Longest average read lengths 관련 링크보기

  Half of data in reads : 40kb, Data per SMRT Cell : Up to 20G

  Long sequence reads는 resequencing과 de novo assembly 의 mappability를 극대화 시킬 수
  있기 때문에 그 중요성이 점차 널리 인식되고 있습니다. (average > 30,000bp, some reads > 200kb)

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  Highest consensus accuracy 관련 링크보기

  Free of systematic errors Achieves > 99.999% (QV50)

  SMRT Sequencing 결과는99.999% (Q50) consensus accuracy를 보여 줄 수 있기 때문에
  정확도가 요구되는variant detection분석에 이용할 수 있습니다.

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  Uniform coverage 관련 링크보기

  No amplification required. Even coverage across GC content

  SMRT sequencing 은 유전자 서열상의 AT-rich 혹은 GC-rich DNA region, 그리고 highly repeti-
  tive sequences, long homopolymers, palindromic sequences로 인하여 나타나는 PCR 문제를
  극복하여 균일한 coverage의 sequencing 결과를 재현할 수 있습니다.

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  Simultaneous epigenetic characterization 관련 링크보기

  Directly detect DNA modifications using polymerase kinetics

  다양한 자연 및 질병 과정에서 epigenetics의 중심 역할을 감안할 때 이러한 variants의 detection
  은 생물학적 복잡성에 대한 보다 완전한 이해의 열쇠입니다. SMRT sequencing만으로도 DNA
  modification 결과를 함께 얻으실 수 있습니다.

Application

Whole Genome Sequencing

PacBio의 high consensus accuracy와 uniform coverage를 가진 long read는 포괄적인 Human 및 plant 등의 large genome de novo assemblies와 SNPs/SNVs, structural variants, mobile elements, haplotypes, epigenetics, low complexity region의 variants 등의 다양한 genomic variation에 대한 정확하고 완벽한 이해에 도움을 줄 수 있습니다.

• Perform complete microbial characterization in a single experiment관련 링크보기
• Produce high-quality plant and animal reference genomes for complete gene discovery관련 링크보기
• Create exceptional human genome de novo assemblies관련 링크보기
• Simultaneously detect epigenetic information관련 링크보기
• Resolve structural variation across the complete size spectrum with base-pair resolution 관련 링크보기

Targeted sequencing

지금까지의 short read를 data를 통한 long repeat variation의 잘못된 mapping과 GC-rich region의 variant 분석상의 PCR-bias에 의한 충분하지 않은 coverage, rare SNPs, indels, copy number variation 등의 불완전한 해석에 대하여 PacBio의 single molecule long read sequencing 결과를 이용하여 다양한 genetic variation의 full spectrum을 얻으실 수 있습니다.

• Explore amplification-free targeted sequencing to enrich hard-to-amplify genomic regions 관련 링크보기
• Characterize complex regions underlying human genetic disease 관련 링크보기
• Perform candidate gene or domestication studies for plants and animals 관련 링크보기
• Resolve complex regions in microbial and infectious disease research 관련 링크보기
• Phase full-length HLA allele variation without imputation 관련 링크보기
• Characterize extended haplotypes of complex immune regions 관련 링크보기
• Fill knowledge gaps with BAC sequencing 관련 링크보기

Complex population

Bacteria나 viruses, cancer cells의 variants는 복잡한 개체군에서 발견되며, 이 variants 는 환경조건, 면역요법, 약물치료 등에 대한 신속한 진화를 가능 하도록 합니다. 이렇게 밀접하게 연관되어 공존하는 생물들의 종의 다양성을 구별하는 것은 매우 복잡한 Assembly가 필요합니다. SMRT sequencing의 long read, single molecule resolution, uniform coverage를 이용하여 명확하게 생물 종을 구분하실 수 있습니다.

• Resolve viral populations 관련 링크보기
• Characterize microbial communities 관련 링크보기
• Detect somatic variants 관련 링크보기

RNA sequencing

PacBio에서 만들어 지는 long read의 full length 의 cDNA의 sequence를 이용하여 다양한 transcript isoforms을 분석함으로써 genome 상의 transcriptional start sites와 alliteratively spliced exon등, 다양한 gene expression study를 수행하실 수 있습니다.

• Profile the full complexity of the human transcriptomeand discover novel genes, isoforms, and gene fusion events 관련 링크보기
• Survey transcript diversity in plants and animals to improve genome annotation and gene discovery 관련 링크보기
• Improve quantitation accuracy of short-read RNA-seq data with sample-specific gene isoform models 관련 링크보기
• Sequence full-length bacterial operons from transcriptomes and metatranscriptomes 관련 링크보기

EPIGENETICS

Gene expression, host-pathogen interactions, DNA damage 와 repair등 광범위한 생물학적 과정에 관여하는 epigenetic modification에 대한 연구를 특별한 sample 처리과정 없이 natural DNA로부터 직접 확인하실 수 있습니다.

• Characterize bacterial DNA modifications and methyltransferase recognition motifs 관련 링크보기
• Identify eukaryotic hyper- and hypo-methylated CpG islands to explore gene expression and regulation 관련 링크보기