DISCOVER FULL-LENGTH TRANSCRIPTS – NO ASSEMBLY REQUIRED
SMRT (Single Molecule, Real-Time) 시퀀싱에 의해 생성 된 긴 read를 사용하는 Iso-Seq 방법은 transcript isoform의 전체 길이의 분석이 가능하며, computational reconstruction 없이 full-length transcript isoform의 기능적 특성을 분석할 수 있습니다.
Survey transcript diversity with easy-to-use Iso-Seq analysis
SMRT (Single Molecule, Real-Time) 시퀀싱 및 Iso-Seq 분석을 사용하면 assembly 과정 없이 전체 길이의 cDNA 서열을 생성하여 표적 유전자 내에서 또는 전체 전사체에 걸쳐 isoform의 특성을 분석할 수 있습니다.
| • Discover new genes, transcripts and alternative splicing events
• Improve genome annotation to identify gene structure, regulatory elements, and coding regions
• Increase the accuracy of RNA-seq quantification with isoform-level resolution |
PacBio에서 제공하는 SMRT LINK 분석프로그램을 활용하여 새로운 전사체 및 유전자를 발견하고, fusion gene의 확인, isoform 및 alternative splicing의 annotation분석을 할 수 있습니다.
Widespread polycistronic transcripts in fungi revealed by single-molecule mRNA sequencing.
Gordon, S. P., et al. 2015. PLoS One, 10(7), e0132628.
Iso-Seq 분석은 CCS 알고리즘으로 생성된 매우 정확하고 긴 HiFi read를 사용하여 고품질의 전장 transcript isoform을 클러스터링하고 생성하여 참조 서열에 매핑 할 수 있습니다.
아래의 자료에서 좀더 자세한 내용을 살펴보실 수 있습니다.
Informational Guide : What’s the value of sequencing full-length RNA transcripts?
Long-Read Transcriptome Sequencing Reveals Abundant Promoter Diversity in Distinct Molecular Subtypes of Gastric Cancer.
이 논문은 위암에 full-length transcript sequencing (Iso-seq method) 을 적용한 최초의 연구입니다. 넓은 범위에 걸친 Alternative splicing의 특성을 분석, biomarker 및 drug discovery에 활용가능성을 확인할 수 있습니다.
HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology
HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.
