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No-Amp Targeted Sequencing Yields Base-Level Resolution of Hard-to-Amplify Regions
최근 까지도, 기존 방식의 target enrichment 방법으로는 repeat expansion 구간, GC rich 구간 등의 확인에 어려움이 있습니다. Pacbio에서는 이를 극복하기 위해 증폭 없이 enrichment를 할 수 있는 CRISPR/Cas9 방식을 접목한 No-Amp targeted application을 선보였습니다. 아래의 웨비나 Recording에서 더 자세한 내용을 확인하세요.
본 웨비나는 아래와 같은 내용을 다루고 있습니다.
1. General advantages of SMRT sequencing:
- long reads, high accuracy, single-molecule resolution, simultaneous epigenetic detection & uniform coverage
2. Recent Performance metrics from Sequel II system:
- Half the Data in Reads: > 190 kb
- Data per SMRT Cell: Up to 160 Gb
- HiFi sequencing : Q30 accuracy
3. No-Amp application workflow
5' & 3' end blockage - CRISPR/Cas9 digestion - Barcoded adapter ligation - SMRT bell library - Sequencing & Data analyisis
4. Elements needed for this protocol
5. Data analysis and visualization
웨비나 다시보기
No-Amp Targeted Sequencing 살펴보기
아래에 링크된 지난 포스트에서 실제 적용 사례를 확인해 보세요! 해당 논문은 PacBio의 No-Amp Targeted Sequencing을 적용하여 작성되었습니다.
지난 포스트에서 요약 보기 < 링크 >
http://www.mdxk.co.kr/board/board.php?bo_table=news&idx=139
전체 논문 보기 < 링크 >
Amplification-free long-read sequencing of TCF4 expanded trinucleotide repeats in Fuchs Endothelial Corneal Dystrophy
Michael P. Fautsch et. al. | Published: July 5, 2019
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0219446