Opportunities for using PacBio
Long-read Sequencing for COVID-19 Research
PacBio의 매우 정확하고 길이 긴 염기서열 분석 데이터는 COVID-19 연구에 사용할 수있는 도구 중 하나입니다. PacBio 시퀀싱은 길고 (최대 15kb) 높은 정확도 (> 99.9 %)를 갖는 HiFi read를 생성한다는 점에서 특별합니다. 이러한 특징은 DNA 앰플리콘에서 SNV의 페이징 (phasing)이 필요로 하는 응용분야 및 매우 유사한 서열을 가진 복잡한 집단 내에서 개별 변이체를 분석하는 데 유리합니다.
예를 들어, 광범위하게 효과적인 치료 또는 백신을 개발하기 위해 SARS-CoV-2가 숙주 내에서, 시간이 지남에 따라 지역 사회에서, 지리적 지역 간에 어떻게 진화하는지에 대해 이해가 필요합니다. 현재 공개된 SARS-CoV-2 게놈을 살펴보면 다른 시퀀싱 방식으로 고품질 데이터를 얻는 것이 얼마나 어려운지 알 수 있습니다. 이와 유사하게, 치료를 위해 회복된 환자의 면역 레퍼토리를 분석할 때, 연구자들은 가변 영역의 전체 길이를 따라 SNV 및 삽입, 결손을 운반 할 수있는 B 세포 수용체에 대한 정확하고 완전한 정보를 필요로 할 것입니다. PacBio 시퀀싱은 B 세포 수용체가 유래 된 생식세포의 IGH 유전자좌를 직접 검출하고 페이징할 수있어, 별도의 추론없이 표현형과 유전자형을 연결할 수 있습니다.
이번 웨비나에서는 어떻게 PacBio 시퀀싱이 COVID-19 를 연구할 때 기초가 되는 생물학을 이해하는데 도움이 될 수 있는지 확인하실 수 있습니다.
* Understand how highly accurate long reads can be used to obtain high quality SARS-CoV-2 genomes with no gaps, and how this connects to virus research goals. * Understand how highly accurate long reads can be used to understand the host immune response to SARS-CoV-2 infection. |
Date & Time:
2020년 4월 23일 목요일, 11:00 a.m. Seoul
Speakers :
Meredith Ashby, Ph.D.
Director, Market Strategy for Microbial & Cancer Genomics
PacBio
