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(주)엠디엑스케이는 고객의 연구 목적에 적합한 기술과 서비스를 제공합니다.

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Vizgen

The First Complete Platform For
In Situ Single-Cell Spatial Genomics

유전체학과 전통적인 바이오마커 이미징 기술이 만나 고도로 다중화된 in situ detection은 본연의 환경에서 일반적이거나 혹은 희귀한 단일 세포를 프로파일링하여
유전자 발현의 패턴을 포착할 수 있습니다. 유기체가 어떻게 기능하는지에 대한 풍부한 인사이트를 제공할 수 있는 새로운 차원의 생물학입니다.

생체 시스템은 기능적 조직과 기관을 형성하기 위해 복잡하게 조직된 수많은 유형의
세포들로 구성됩니다. 단일 세포 RNA 시퀀싱을 사용한 Cell atlas initiative는
RNA 발현 프로필을 기반으로 세포 유형의 특성을 분석하기 시작했습니다. 그러나 단일
세포 시퀀싱을 위해 세포가 해리되면 조직이 손상되어 세포 이질성이 조직 기능에
어떻게 기여하는지 연구하기가 어렵습니다. Vizgen의 platform은 조직 본연의
공간 구성을 subcellular resolution으로 직접 프로파일링할 수 있는 all-in-one
in situ single-cell genomics platform입니다.

Technology

MERFISH technology

Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization

Multiplexed Error-Robust Fluorescence in situ Hybridization
(MERFISH)는 다양한 조직의 개별 세포에서 수백개의 RNA 종의 복제 수와 공간 분포를
동시에 측정할 수 있는 대규모 multiplexed single-molecule imaging 기술입니다.

MERFISH 기술은 Single Molecule FISH (smFISH)라고 하는
RNA 이미징 기술을 기반으로 합니다. smFISH를 수행하기 위해 형광 태그를 붙인
oligo 프로브로 관심 있는 RNA 전사체에 레이블링하여 형광 RNA 표적의 수를
직접 산출함으로써 각 유전자의 발현 프로파일을 결정할 수 있습니다.
MERFISH는 smFISH를 확장하여 combinatorial barcoding, 순차적 이미징 라운드 및 error robust barcoding을 추가하여 다중화 용량을 크게 증가시키고 공간적 분석을 더한 단일 세포 유전자 발현 프로파일링을 가능하게 합니다

MERFISH는 커스텀 디자인 패널의 각 표적 유전자에 고유한 이진 바코드가 할당되는 새로운 조합 바코드 방식을 사용합니다.
0과 1의 시퀀스인 바코드를 확인하기 위해 순차적인 이미징 라운드가 사용됩니다. 이 combinatorial barcoding은 다중화 용량을 크게 증가시킵니다.

형광 태그된 프로브를 관심있는 표적 전사체에 붙여 형광표지한 후 순차적으로 바코드를 판독합니다.
이미징의 각 라운드는 2진법(binary) 바코드의 1비트에 해당하며 전체 바코드를 인식하기 위해 여러 차례의 이미징 연속 라운드가 수행됩니다.
각 이미징 라운드에서 형광 신호가 감지되면 해당 비트 위치에서 1을 나타내고 해당 분자에 신호가 없으면 0으로 인식합니다.
이 바코드 시스템은 오류 견고성을 갖도록 설계되어 있어 각각의 전사체를 정확히 판별할 수 있습니다.
바코드 시퀀스는 하나의 바코드가 다른 바코드로 잘못 식별되기 전에 판독 오류가 있는 경우 시스템은 가장 가까운 올바른 바코드를 확인하여
해당 데이터에 그 코드를 할당할 수 있습니다. 이런 기술은 MERSCOPE™ 의 결과를 정확하고 일관되게 만듭니다.

Workflow

Advantage / Features

High Spatial Resolution

Whole tissue section 부터 single cell 또는 subcellular 수준까지 ≤100 nm 해상도로
RNA transcript 위치 확인 가능

High Throughput

한번의 실험에서 수십만 개의 세포가 있는 1 cm2 크기의 조직을 프로파일링합니다.

High Sensitivity

낮은 발현율을 보이는 RNA도 확인할 수 있을 만큼 높은 detection efficiency

Detection efficiency ~95% in cells; 80% tissue

High Multiplexing Power

High multiplexing with custom gene panel design.

하나의 sample에서 500개의 유전자까지 확인 (~1 day to 1 cm2 area)

High Flexibility

demonstrated in over 60 human and mouse tissue types

Automated Ease of Use

작동이 쉬운 자동화 장비와 갖춰진 시약 패키지로 자동화 가능

No Downstream Sequencing

후속 시퀀싱이 필요하지 않아 추가 비용 없이 단일 실험 실행에서 모든 정보를 얻을 수 있습니다.

Visualization and Analysis Software

단일 세포 수준에서 공간 context를 매끄럽게 이어줍니다. single cell data를 공간적으로 해석할때 H&E 또는 IHC 이미지를 중첩할 필요가 없습니다.

Applications / Research Area

Spatially profile gene expression across whole tissues down to subcellular resolution

MERFISH 기술을 사용하여 나노미터 해상도 수준으로 전사체를 공간적으로 확인할 수 있고
전체 조직에 걸쳐 유전자 발현을 매핑하거나 세포 유형 및 세포 상태의 복잡한 배열을 확인할 수 있습니다.

Discover and Map Novel Cell Types and States Spatially profile gene expression across whole tissues
Profile Gene Expression
In Situ Across
Large Tissue Areas
Profile Clinically
Relevant Samples
Discover and Map Cell
Types In Complex Tissues
Characterize Cell
Function and State
Analyze the Intracellular
Organization of the
Transcriptome

Research Area

MERFISH는 기초과학부터 신약 개발, 임상 병리학에 이르기까지 생물학과 의학 모두에서 광범위하게 응용됩니다.
본래의 컨텍스트를 보존하면서 광범위한 발현 빈도에 걸쳐져 있는 RNA를 정량화할 수 있습니다.
따라서 MERFISH는 배양세포 또는 복합 조직의 개별 세포들을 대상으로 다양한 in situ transcriptomic 분석에 적용할 수 있습니다.

Oncology

Immunology

Neuroscience

Infectious Disease

Development Biology &
Regenerative Medicine

The MERSCOPE™ Platform is a trademark of Vizgen, Inc.

Resources

암에 대한 면역 반응 분석을 간편하게! -MERSCOPE

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