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PARSE BIOSCIENCES

(주)엠디엑스케이는 고객의 연구 목적에 적합한 기술과 서비스를 제공합니다.

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Parse Biosciences

Without an instrument, Single cell RNA Sequencing

Technology

Split-pool combinatorial barcoding 기술을 사용하여 microfluidic 기기 없이 single-cell transcriptome profiling을 할 수 있습니다. Fixation된 세포를 넣은 각 well에 특정 바코드를 할당함으로써 세포 자체를 구획으로 활용할 수 있습니다.

몇 차례의 splitting과 pooling, ligation을 거쳐 각 세포의 transcript set에 고유의 다양한 바코드 조합을 생성합니다. 4번의 라운드를 거치면서 doublet을 피해 최대 100만 개의 세포에 고유하게 라벨을 붙일 수 있을 만큼 3,538,944개의 가능한 바코드 조합을 생성할 수 있습니다. (48x96x96 Well plate까지의 3번째 라운드에 이어 8개의 PCR tube reaction으로 네 번째 라운드 진행)

Split-pool Combinatorial Barcoding
  • Reverse Transcription 01 Split
    • 1st round barcoding
    • fixation을 거친 sample을 48well에 분주
    • well-specific barcoded primer로 reverse transcription 진행
    • cDNA generation
  • 02 Pool
    • 각 well의 시료를 함께 pooling
  • Ligation 03 Split
    • 2nd round barcoding
    • 96well에 분주
    • cDNA에 2nd well-specific barcode를 ligation
  • 04 Pool
    • 각 well의 시료를 함께 pooling
  • Ligation 05 Split
    • 3rd round barcoding
    • 96well에 분주
    • 3rd well-specific barcode를 ligation
  • 06 Pool
    • 각 well의 시료를 함께 pooling
  • Lysis + PCR 07 Split
    • Final split
    • 8개의 population으로 분리 (sublibraries)
    • Sequencing depth 조정을 위해서 각 sublibrary 내 cell 수를 선택
    • Lysis 후 barcoded cDNA isolation
    • 4th sublibrary –specific barcode로 PCR
  • 08 Sequence
    • Sequencing 후 각각의 single cell transcript는 동일한 4가지 barcode 조합을 가진 read들로 assembly

Workflow

  1. Step 01

    Fixation

  2. Step 02

    Barcoding &
    Library Prep

  3. Step 03

    Sequencing

  4. Step 04

    Data Analysis &
    Visualization

Advantage / Features

  • Scalable - Unmatched Sensitivity at Any Scale

    • 96개의 sample까지 한번에 실험에 적용할 수 있으며, 최대 1,000,000 세포까지 프로파일링 할 수 있습니다.
  • Flexible - Fix now, run later

    • Cell 또는 nuclei을 고정 후 6개월 동안 안정성을 유지할 수 있습니다.
    • 서로 다른 날짜에 추출된 sample을 한번의 실험으로 진행할 수 있습니다.
    • Time-course study, 실험실 간 sample 이동 등 원하는 방식으로 실험을 진행할 수 있는 유연성을 제공합니다.
  • Affordable - no instrument required

    • 특정 장비가 필요하지 않습니다.
    • 실험실내 구비되어 있는 일반적인 실험기구 사용하여 실험을 진행하실 수 있습니다.
  • Size Optimized Particles

    • Droplet 방식 보다 매우 낮은 doublet 비율로 향상된 data quality를 제공합니다.
    • Cell 당 더 많은 transcript와 gene을 detection 할 수 있습니다.
    • 서로 다른 종류의 Sample에서도 일률적이고 민감한 gene detection이 가능합니다.

Applications / Research Area

Application
  • high-plex time
    course experiments
  • Profiling of
    immune cells
  • Profiling
    single nuclei
Research area
  • developmental
    biology
  • stem cell
    therapy
  • immunotherapy
  • cancer
    treatments

Resources

Scalable Single Cell RNA-seq without an instrument

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2022-06-29