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single cell에서 isoform을 정확하게 검출할 수 있는 방법은?

2022-11-23 15:37:55

 

REVEAL HIDDEN ISOFORM DIVERSITY AT SINGLE-CELL RESOLUTION

isoform
수준에서 세포 이질성을 이해하는 것은 일반 연구 질병 연구 모두에 중요합니다.  PacBio HiFi sequencing 단일 세포 바코드 UMI 정보와 함께 전체 길이의 RNA isoform 서열을 분석하여 단일 세포 생물학에 대한 전례 없는 인사이트를 보여줍니다. short read 유전자 수준의 정보만 캡처할 있고 다른 long read 기술은 UMI(고유 분자 식별) CBC(세포 바코드) 식별에 대한 정확도가 부족합니다. HiFi read만이 단일 세포 연구에서 isoform 정확하게 검출할 있습니다.


 

Long reads reveal isoform differences across cell types. 

 


MAS-Seq 방법은 Single-cell 플랫폼에서 생성된 cDNA 분자를 단편으로 연결하여 처리량을 증가시키는 concatenation method Al'Khafaji 박사 연구팀에 의해 개발되었습니다.

 

 

MAS-Seq kit 사용하면 단일 세포 수준에서 RNA isoform 다양성을 엿볼 있습니다.

- Achieve 16-fold throughput increase compared to a regular single-cell Iso-Seq library
- Move beyond gene counting to get full-length isoform information
- Characterize the full diversity of transcript isoforms at the single-cell level
- Reveal cell type-specific spliced isoforms and expressed variants

 

 

 

References 

Al'Khafaji et al., (2021) High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation. bioRxiv, 10.01.462818, doi:https://doi.org/10.1101/2021.10.01.462818

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology

 

HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.