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3세대 시퀀서 - PacBio® RS II system
이름 관리자 이메일 info@mdxk.co.kr
작성일 14.07.10 조회수 3299
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Pacific Biosciences사의 3세대 시퀀서인 PacBio® RS II system은 실시간으로 PCR 증폭과정 없이 Single molecule을
template로 시퀀싱을 하는 Single molecule Read Time(SMRT) Sequencing System 입니다. 즉 DNA를 분자 상태 그대로
시퀀싱을 해서 서열을 읽어내는 방법으로 PCR 과정 중 발생할 수 있는 Error 없이 Long read로 시퀀싱이 가능합니다.
◆ Advantage
1. Extraordinarily long read lengths : 평균 4,500bp~8,500bp
2. Extremely high accuracy : >99.999% accuracy
3. Exquisite sensitivity
4. Least GC bias
5. Short run time
6. No amplification bias
7. Various application
◆ 2세대 시퀀서와 3세대 시퀀서의 차이점
◆ Workflow
PacBio® RS II system은 샘플 준비부터 1차 base call 분석까지 간단한 workflow로 실험시간을 최소화 할 수 있습니다.
◆ Sequencing Protocols
간단한 실험법으로 RS II system 플랫폼에 최적화된 Library prep을 완성 할 수 있습니다.
1. Standard Sequencing for Continuous Long Reads (CLR) - Large Insert Sizes : > 3Kb
2. Circular Consensus Sequencing (CCS) - Small Insert Sizes : 500bp~3Kb
◆ Application
PacBio의 Long read를 이용한 다양한 application을 수행 할 수 있습니다.
1. De novo
Generate finished genome assemblies with the PacBio RS II
- Complete microbial genomes and improve assemblies of larger organisms
- unbiased genome coverage, and high accuracy
· Highest N50
· Fewest fragments
· Detect structural variation
· 99.999% consensus accuracy
· Unbiased genome coverage
- Cost - effective and fast result
- Generate high quality assemblies from PacBio long reads alone Hierarchical Genome Assembly Process (HGAP)
2. Targeted Sequencing
- Exquisite sensitivity and specificity to fully characterize genetic complexity
· Multi-kilobase reads
· 99.999% consensus accuracy
· Linear variant detection to <0.1% frequency : localization, size, allele sequence
· Access to the entire genome : 반복서열과 GC-rich 부분의 cover
3. Base modification detection
PacBio® RS II system은 실시간으로 시퀀싱이 진행되는 동안 base incorporation의 kinetics을 측정하여 직접적으로 다양한
base modification 부분을 찾을 수 있습니다.
4. Characterize Genomic Variation
· Isoform Sequencing
· Repeat Expensions
· Structural Variation and Copy-Number Variants
· Full-Length 16S Sequencing
· Compound Mutations and Haplotype Phasing
· Minor Variants and Quasispecies: Linear variant detection to <0.1% frequency
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