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Host RNA의 Depletion을 통한 Microbial RNA분석

2019-01-30 10:55:16

PUBLICATION 

 

Nugen의 AnyDeplete 기술을 이용한 Microbial RNA-seq library preparation 제품을 (illumina sequencing system용) 소개드립니다. AnyDeplete 기술을 이용하시면 Host sample의 RNA를 제거하여, 더 적은 양의 Sequencing Data로부터 더 많은 양의 Microbial RNA Detection이 가능합니다. 

 

 

 

Trio RNA-Seq library prepration kit을 이용하시면 숙주의 원하지 않는 특정 서열을 제거함으로써 기존 RNA-Seq 방법보다 미생물 RNA 검출의 확률을 크게 높일 수 있습니다. 아래의 포스터에서 실제 적용사례를 살펴보세요.

 

A simple method for RNA-Seq from mixed microbe/host samples

숙주/미생물의 혼합시료에서의 RNA의 분석은 RNA 바이러스의 존재, 박테리아 및 바이러스 유전자의 발현 및 숙주의 발현 상태를 나타낼 수있습니다. 기존에 사용되는 RNA-seq 방법은 100ng 정도의 total RNA를 필요로 하며, sequencing 결과에 대부분이 숙주의 reads를 차지하고 있어 미생물의 read 분석에 있어 절대적인 양이 부족할 수 있었습니다. Trio RNA-Seq은 500pg 정도의 total RNA를 cDNA로 전환, Single Primer Isothermal Amplification (SPIA)로 증폭하여,  Enzymatic  fragmentation을 거쳐 NGS 라이브러리 생성 후 숙주의 원하지 않는 특정 서열을 제거함으로써 미생물 RNA 검출의 확률을 높일 수 있습니다. 

 

Targeted depletion increases the fraction of informative reads 

 

 



  

 

Ovation® Universal RNA-Seq System은 10 ~ 250ng의 total RNA inputs에서 AnyDeplete technology를 이용하여 불필요한 transcript를 제거한 RNA-Seq libraries 를 만들 수 있습니다. 아래의 포스터에서 실제 적용사례를 살펴보세요

 

Looking for the pathogen needle in the host haystack

일반적으로 인간 혈액과 대뇌 척수액에서 EBV (Epstein-Barr virus) 전사체의 검출율이 낮습니다. 하지만 이 포스터에서는 Ovation® Universal RNA-Seq System을 적용하여 Host rRNA read 수를 44%에서 5%로, 미토콘드리아 는 50 %에서 10 %로 감소시켰으며, 또한, Epstein-Barr virus (EBV)의 검출을 6 배 증가시켰습니다.

 

Increased virus detection after AnyDeplete (formerly InDA-C) treatment

 


 

 

 

 

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