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상용되고 있는 유방암 세포주의 게놈 서열과 전사체의 분석 결과를 콜드 스프링 하버 연구소(Cold Spring Harbor Laboratory)와 공동 연구팀이 발표하였습니다. 연구진은 HER2 양성 유방암의 중요 모델 세포주(SK-BR-3)를 PacBio long-read sequencing으로 게놈과 전사체 분석을 수행하여, 이전에 short-read sequencing data만으로 해당 세포주를 분석했던 결과보다 훨씬 더 많은 구조적 변이를 가지고 있다고 결론 지었습니다.
게놈의 불안정성을 확인하는 것이 암을 이해하는 데 필수적이지만 short-read sequencing 방법으로는 구조적 변화를 감지하는 데 어려움을 겪었습니다. 대규모 암 프로젝트에서 조차 구조 변이 검출에 대한 위양성률과 위 음성률이 모두 50 % 이상으로 보고 되었기 때문에 구조적 변이에 대해서는 다소 제한적인 분석이 수행되고 있었습니다. 또한 검출된 변이가 동일 분자 상에 존재하는지 여부를 판단 할 수 없기 때문에 전반적인 염색체 구조가 어떻게 변했는지 분석 할 수 없다고 설명하고 있습니다.
연구팀은 암의 구조적 변이에 대한 포괄적 지도를 만들기 위해 PacBio SMRT sequencing 과 short-read sequencing을 사용하여 SK-BR-3 게놈을 시퀀싱하였고, 더 많은 PacBio 데이터가 mapping이 가능하다는 사실을 발견했습니다. PacBio read의 90% 이상이 mapping quality 60으로 정렬되었지만, short read에서는 69 %만이 같은 수준으로 정렬되었습니다. 또한 연구팀은 Illumina 서열 데이터에 비해 PacBio 시퀀싱에서 보다 작은 GC bias 를 관찰하였다고 보고하며, 이는 PacBio sequencing 기법이 copy number 분석과 전반적인 변이 검출에 있어서 더 나은 분석 결과를 제공한다고 덧붙였습니다.
Genome Res. 2018. 28:1126-1135
