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A tandem-repeat associated with bipolar disorder and schizophrenia

2018-08-22 00:00:00

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스탠포드 대학의 데이비드 킹슬리(David Kingsley) 연구팀은 사람의 칼슘 채널 유전자 CACNA1C에 위치한 30-mer tandem repeat을 확인하였습니다. 

 

이 영역은 전유전체 관련성분석 (GWAS, genome-wide  association studies)에서 반복적으로 신경정신질환과 강한 SNP 연관성을 보여왔습니다. 지난 10 년 동안 어떤 인과적인 돌연변이도 확인하지 못하였지만, 헌팅톤병, 척수 소뇌 운동 실조증, 취약 X증후군 등 다른 신경계 질환에서는 유사한 repeat expansion과의 연관성에 대한 증거가 이미 존재했기 때문에 이 연구팀은 genotyping 분석이나 short read sequencing 방법으로는 발견하지 못했던 Structural variant와의 관련성이 존재할것이라 의심했습니다.

 

연구팀은 PacBio long read sequencing을 포함하여 여러 가지 샘플 유형과 서로 다른 방법을 사용하여 CACNA1C tandem repeat의 특성을 밝혔으며, 가장 최근의 인간게놈참조(hg38)서열에서 10 개의 30bp units만 구성했음에도 불구하고 그 중 일부에서 30bp unit이 100회 반복되었음을 발견했습니다. 이 30-mer tandem repeat은 사람의 신경전구세포에서 enhancer활성을 보였고, 질병 위험과 관련된 다른 tandem repeat은 enhancer활성이 적음을 입증하였습니다. 앞으로 CACNA1C tandem repeat의 유전자형 분석은 칼슘 채널 활성을 타겟으로 하는 약물에 차별적인 반응을 보이는 환자군을  식별하는 등 다양한 이점을 제공할 수 있다고 설명하고 있습니다. 

 

 

Characterization of a human-specific tandem repeat associated 

with bipolar disorder and schizophrenia.

Janet Song, Craig B. Lowe, David M. Kingsley (2018)

doi: https://doi.org/10.1101/311795