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Publication Newsletter 제 24 호 - PacBio

2018-04-25 19:23:10

 

 

 


RESEARCH FOCUS
PLANT AND ANIMAL SCIENCES

Plant & Animal Research 관련 최신 연구동향을 소개 드립니다.


Bat Biology, Genomes, and the Bat1K Project: 
To Generate Chromosome-Level Genomes for All Living Bat Species

Bat1K project 연구진들의 목표는 박쥐의 특별한 적응력을 분자적 수준에서 더 잘 이해하기 위해 모든 살아있는 박쥐에 존재하는 분자적 다양성을 분류하는 것입니다. 박쥐가 어떻게 진화되어 왔는지, 표현형과 유전자형은 어떤 연관성이 있는지를 연구함으로써 박쥐를 더 잘 이해하고 잘 보존할 수 있도록 합니다. 이를 위해 PacBio SMRT sequencing 기술 등을 이용하여 1300 종의 박쥐의 genome을 분석하고자 하였습니다. 

저자들은 박쥐의 연구 결과를 이용하면 급격하게 고령화되는 인류의 삶의 질 향상, 전염병의 확산 방지, 농업 생산성 유지, 자연생태계 복원 등 인류가 직면한 가장 중요한 과제 중 일부를 해결할 수 있다고 서술하고 있습니다. 

예를 들어 박쥐는 에볼라, SARS(중증 급성 호흡기 증후군), 광견병, MERS (중동 호흡기 증후군 코로나 바이러스)와 같은 가장 치명적인 바이러스성 질병에 걸리는 것으로 추정되나, 증상 없이 생존할 수 있는 것으로 보입니다.  이것이 가능한 이유를 알아내면 면역 기능에 대한 이해를 높이고 바이러스성 전염병을 예방할 수 있습니다.




"Targeted Sequencing by Gene Synteny," a New Strategy for Polyploid Species: Sequencing and Physical Structure of a Complex Sugarcane Region.

밀, 면화, 감자 및 사탕 수수와 같이 경제적으로 중요한 작물 의 약 1/3은 배수체 종이며, 특히, 사탕수수는 가장 복잡한 게놈 구조를 갖는 작물이라고 알려져 있습니다. 기존 연구에 따르면 사탕수수 지놈의 50% 가량이 반복서열을 갖는 것으로 알려져 있습니다.

품종 SP80-3280 전체 지놈 샷건 시퀀싱을 기반으로 한 사탕 수수 지놈의 초안이 발표되었으나, 특정 관심 영역을 찾기기 위해 지놈의 크고 복잡한 영역을 재구성하는 데는 어려움이 있습니다. 본 연구에서는 관련 종인 수수 (Sorghum bicolor)와 사탕 수수 (Saccharum sp.) 사이의 synteny를  탐구하기 위해 사탕 수수 QTL과 연관된 적어도 두 개의 유전자 서열을 포함하는 68 개의 BAC 클론을 PacBio SMRT sequencing 을 사용하여 서열을 분석하였습니다.




Long-read sequence capture elucidates the evolution of the hemoglobin gene clusters in codfishes

 Atlantic code genome assembly 등  fish genome assembly의 data를 기본으로 하여 두개의 hemoglobin gene clusters (LA, ~100kb & MN, ~200kb)의 probe를 제작, 8종의 cod fish에 대하여 해당 영억을 capture, PacBio SMRT sequencing하여 분석하였습니다. 

Hbb1과 Hba1 gene 사이에 promotor region에 있는 비교적 큰 종간 variable indel을 찾고 계보 상에 특이한 gene duplication을 재구성할 수 있었습니다.