UNDERSTAND THE EVOLVING PANDEMIC WITH PACBIO SEQUENCING
2021년에는 COVID-19 대유행의 새로운 단계에 들어섰습니다. 전염성이 더 높은 변종의 광범위한 확산으로 인해 바이러스 시퀀싱의 필요성이 더 높아지고 있습니다.
지난 2개월 동안 연구팀들은 많은 국가에서 빠르게 확산되는 변종을 확인했으며 새로운 변종이 더 자주 발견되고 있습니다. 이전에는 볼 수 없었던 속도와 규모로 바이러스의 게놈 변화를 추적하는 genome surveillance 의 시대를 예고하고 있습니다.
Targeted Sequencing for SARS-CoV-2 Surveillance
Sequel IIe 시스템의 HiFi read는 SARS-CoV-2를 빠르고 쉽게 시퀀싱 할 수 있는 안정적이고 비용면에서도 효율적인 high-throughput solution을 제공합니다.
High throughput SARS-CoV-2 sequencing tracks pandemic mutations
미국 내 COVID-19 테스트를 진행하는 기관 중에 하나인 Labcorp 사는 미국 전역에서 2021 년 2월 현재 340만 개 이상의 양성 샘플을 테스트하여, 시간, 위치 및 환자 인구 통계에 대한 메타 데이터를 기록하고 있습니다. 이 회사의 대규모 SARS-CoV-2 시퀀싱 프로젝트는 Sequel II System workflow를 기반으로 구축되었으며 진단 분석을 통해 양성으로 테스트 된 샘플의 남은 양으로 분석을 진행합니다. 이는 실험이 적은 양으로 진행되고 있음을 의미하며, overlapping 1.2kb amplicon pool 2개를 이용하여 HiFi read를 생성, SMRT cell 당 600 ~ 1,000개의 genome 속도로 whole viral genome을 sequencing합니다. 이 연구팀에 따르면, 2021년 2월 26일 현재 17,000개 이상의 게놈을 시퀀싱했으며 HiFi 어셈블리가 영역 누락없이 매우 높은 해상도를 제공하므로 새로운 돌연변이를 식별 할 수 있다고 보고하고 있습니다.
Labcorp는 SARS-CoV-2가 미국 전역에 확산됨에 따라 새로운 돌연변이를 추적하고 이에 대해 자세히 알아 보려는 노력의 일환으로 미국 질병 통제 센터(CDC)와 sequencing surveillance 계약을 체결했습니다.
Labcorp 연구팀은 PacBio® Sequel® II 시스템을 추가 도입하여 매주 환자 샘플에서 수천 개의 코로나 바이러스 전체 게놈을 생성 할 수 있도록 확장 할 예정이며, 산출된 데이터는 미국 질병 통제 예방 센터 (CDC)에서 기존 SARS-CoV-2 변종의 확산을 추적하고 다른 지역으로 확산되는 새로운 변종의 출현을 감지하는데 사용됩니다. Labcorp와 CDC는 PacBio HiFi 시퀀싱 데이터를 활용하여 최근 사우스 캐롤라이나 및 버지니아에서 B.1.351 변종의 감염사례를 처음 확인하였습니다.
LabCorp 사 가 미국 내 SARS-CoV-2 돌연변이의 집단감시에 HiFi 시퀀싱 및 Sequel II 시스템을 어떻게 사용하고 있는지 프리젠테이션 및 논문으로 살펴보실 수 있습니다.
LabCorp: Geographic and Temporal Mapping of SARS-CoV-2 Pandemic
'VCFCons: a versatile VCF-based consensus sequence generator for small genomes
Elizabeth Tseng et al. bioRxiv,2021
HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology
HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체 와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.
