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새로 출시된 Sequel II의 early access program에 참여한 연구팀의 사례를 3번에 걸쳐 차례로 소개드립니다. 

제 3 편: Sanger Scientists Test Sequel II System for Tree-of-Life Projects

Cambridge University 연구팀은 Wellcome Sanger Institute에 있는 Sequel II system을 이용하여 tree-of-life sequencing project의 data를 생성하였습니다. 

해당 연구팀은 Vertebrate Genomes Project, Sanger 25 Genomes Project, Darwin Tree of Life Project 등의 대규모 프로젝트에 참여하고 있으며, 이 연구들의 목표는 gap을 최소화한 chromosome level의 고품질 assembly를 생성하는 것입니다.

이번 얼리억세스를 통하여 연구팀은 비교 목적으로 이미 서열이 알려져 있는 genome을 선택하여 어류와 양서류 등의 염기분석을 CLR(continuous long read), CCS(circular consensus sequencing), HiFi mode로 수행하였으며, SMRT Cell 8M과 CLR mode로 80~90Gb, CCS mode로 250Gb이상의 raw data를 획득하여 매우 만족할만한 수준이었다고 설명하고 있습니다. 

또한 연구팀은, unresolved whole genome duplication으로 인해 부분적으로 4배체로 남아있어 분석이 조금 더 까다로울 수 있는 Sterlet 철갑상어 genome을 2개의 SMRT Cell로 CLR data를 생성하여 어셈블리(>92% completion) 하였으며, milkfish의 결과(>95% completed genes)도 함께 소개하였습니다.

“Tree-of-life genome project를 수행하는데 있어, Sequel II system은 확장성 및 경제성에 있어 큰 도약”이라고 연구진이 언급한 본 사례의 자세한 내용은 아래의 동영상에서 확인하실 수 있습니다.