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PacBio Long read SMRT sequencing을 이용한 연구가 다양한 Nature 자매지들에 발표되었습니다. 사탕수수, 목화, 해파리, 거북 등 다양한 동식물의 genome 분석를 소개드립니다.
by Alexander Vasenin (CC BY-SA 3.0) / https://en.wikipedia.org/wiki/Aurelia_aurita
PacBio Long read SMRT sequencing을 이용한 연구가 다양한 Nature 자매지들에 발표되었습니다. 사탕수수, 목화, 해파리, 거북 등 다양한 동식물의 genome 분석를 소개드립니다.
Giant tortoise genomes provide insights into longevity and age-related disease
Carlos López-Otín et al.
Nature Ecology & Evolution volume 3, pages87–95 (2019)
https://doi.org/10.1038/s41559-018-0733-x
스페인 Oviedo 대학교 연구팀은 100년 정도를 사는 Pinta tortois의 genome을 분석, Aldabra giant tortoise와 비교하여 Nature Ecology & Evolution에 발표하였습니다. 두 종의 거대 거북에서 노화와 면역 체계에 관련된 유전자를 포함하여 positive selection 에 연계되는 유전자들을 발견하였습니다.
The genome of the jellyfish Aurelia and the evolution of animal complexity
Ralph J. Greenspan et al.
Nature Ecology & Evolution volume 3, pages96–104 (2019)
https://doi.org/10.1038/s41559-018-0719-8
미국 UCSD 연구팀은 해파리형의 부유시기를 갖는 자포생물의 한 종류인 보름달물해파리의 genome 분석 결과를 Nature Ecology & Evolution에 발표하였습니다. 부착시기와 부유시기를 갖는 복잡한 생활사가 유전자 숫자의 증가와는 연관성이 없다고 설명하고 있습니다.
Reference genome sequences of two cultivated allotetraploid cottons, Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense
Xianlong Zhang et al.
Nature Genetics (2018)
https://doi.org/10.1038/s41588-018-0282-x
직물 섬유로 널리 재배되는 두 가지 allotetraploid 면화 종에 대한 reference–grade genome assembly 결과가 Nature Genetics에 발표되었습니다. 아시아, 유럽 미국의 연구팀들의 협업으로 이루어진 이번 연구는 기존에 작성된 초안과 비교하여, centromere 같이 반복구간이 많은 구역에 완성도를 높이는 등 상당한 개선을 보여주고 있습니다.
Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.
Ray Ming et al.
Nature Genetics volume 50, pages1565–1573 (2018)
https://doi.org/10.1038/s41588-018-0237-2
미국 일리노이대를 비롯한 여러 대학의 식물학 연구팀들이 사탕수수 Saccharum spontaneum L. 종의 reference genome assembly 결과를 Nature Genetics에 발표하였습니다. 사탕수수는 3.13 Gb의 매우 복잡한 autopolyploid 식물체로 1990년 후반부터 사탕수수의 genome mapping을 시도하였으나, 기존의 sequencing 기술로는 결과를 얻지 못하였습니다. 이번 연구에서는 PacBio의 Long read sequencing과 Hi-C 기술을 접목하여 마침내 reference genome을 완성하였습니다.
