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Can the Koala Genome Save the Species From Deforestation and Chlamydia?

2018-07-11 09:43:46

PUBLICATION NEWSLETTER 제 27 호

 

 

 

오스트레일리아 연구팀이 PacBio long-read SMRT sequencing과 Bionano Genome mapping 기법을 이용하여 Koala genome을 분석한 결과를 Nature Genetics에 발표하였습니다. 

유대 동물에 속하는 코알라는 서식지의 감소와 질병(클라미디아)으로 인하여 개체수가 급속히 감소하고 있어 개체 보존 노력의 일환으로 genome project가 진행되었습니다. 이 연구를 통하여 다른 포유동물에게는 독소로 작용하는 유칼립투스잎을 영양소로 이용할 수 있는 특별한 이유를 찾아내었고, 아기주머니에서 양육할 수 있도록 도와주는 lactation protein을 발견하였으며, 클라미디아 감염과 연관된 유전자를 밝혀내었습니다. 

이 프로젝트는 PacBio platform을 이용하여 57.3x coverage로 sequencing, Falcon genome assembler로 3.42GB genome assembly를 생성, illumina short read로 polishing, BioNano genome mapping으로 scaffolding을 진행하였고, 그 결과 6,124개의 protein-coding gene 및 diet와 immune system에 관련된 novel gene을 포함하여 26,558 개의 코알라 유전자를 확인하였습니다.

이번 연구결과는 코알라 종 보존, 클라미디아와 코알라 retrovirus 같은 심각한 질병의 치료법 개발 등에 중요한 정보를 제공할 수 있으며, 나아가 생물학적으로 독특한 종들의 보존을 위한 발판으로 이용될 수 있습니다.


논문 정보

Adaptation and conservation insights from the koala genome

Rebecca N. Johnson, Denis O’Meally, Katherine Belov et al. 

Nature Genetics(2018)

 

https://www.nature.com/articles/s41588-018-0153-5