UNCOVERING COMPLEXITY
신경학, 신경 근육 및 신경 퇴행성 장애의 유전적 요인을 확인하기 위해서는 이전에 염기 서열 분석이 불가능한 것으로 간주된 영역과 전체 범위의 게놈 변이를 분석할 수 있는 방법이 필요합니다.
Discover Deeper Insights Read 길이가 길고 높은 consensus accuracy와 균일한 coverage를 갖는 PacBio HIFi SMRT 시퀀싱을 통해 통해 신경 질환의 유전적 기초를 보다 포괄적으로 이해할 수 있습니다. |
Characterization of a large, human-specific tandem repeat array associated with bipolar disorder and schizophrenia
양극성 장애 및 정신 분열증과 관련된 tandem repeat에 대한 연구 사례를 확인해보세요.
이전의 genome 전체 연관 연구에서 제안한 CACNA1C 유전자에서 특정 원인 변이를 탐색하는 연구에서 SMRT sequencing으로 16 개체에서 약 50 개의 변이을 포함한 30mer repeat을 확인했습니다. 그 중 10 개의 변이가 risk haplotype과 관련이 있다고 분석하였습니다.
Sequencing ALS-causing repeat expansion using No-Amp targeted sequencing method
CRISPR / Cas9 시스템을 사용하여 whole genome long-read sequencing과 amplification-free targeted sequencing을 사용하여 근 위축성 측두 경화증 (Amyotrophic Lateral Sclerosis) 및 전측두엽 치매 (FrontoTemporal Dementia)를 유발하는 C9orf72 repeat expansion의 기본 수준 해상도를 얻었습니다.
Ebbert, M. T. W. et al. 2018. Molecular Neurodegeneration
Single-Cell RNA Sequencing Method Reveals Isoforms in Specific Mouse Brain Cell Types
“ 단일 세포 isoform RNA-Seq＂ 또는 ScISOr-Seq 라고 하는 microfluidic amplification based method를 마우스의 소뇌 영역에서 추출한 뉴런을 포함한 수천 개의 세포에 적용하여 수만 개의 새롭게 확인이 된 또는 이미 알려진 전사체 isoform에 대한 세포 유형별 발현 패턴을 찾을 수 있었습니다.
ScISOr-Seq를 사용하면 단일 세포에서 길이가 긴, full-length RNA-seq를 매우 낮은 오류율로 세포 유형별로 클러
스터링 할 수 있다고 설명하고 있습니다.
Gupta, I., Collier, P., Haase, B. et al. 2018 Nat Biotechnol .
이 논문의 저자인, Hagen Tilgner의 발표 내용을 아래의 링크에서 확인해보세요.
Scientists Resolve Epilepsy-Causing Repeat Expansion with Sequel System
SMRT 시퀀싱의 고유한 특성을 사용하여 유전형 간질을 일으키는 구조 변이 (SV)를 발견한 결과가 발표되었습니다. 4.6kb intronic repeat insertion은 낮은 커버리지의 whole genome sequencing data에서 확인되었으며, 이 방법이 많은 설명되지 않은 질병의 유전적 메커니즘을 분석하는 데 유용 할 수 있음을 시사하였습니다.
Mizuguchi, T., Toyota, T., Adachi, H. et al. 2019. J Hum Genet .
DOI : 10.1038/s10038-018-0551-7
DOI : 10.1038/s10038-018-0551-7
Alzheimer’s Study Reveals First Somatic Gene Recombination Found in Human Neurons
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가장 흔한 형태의 알츠하이머병 치료에 완전히 새로운 접근 방식을 제공 할 수 있는 흥미로운 결과가 Nature 에 보고되었습니다. 이 프로젝트에는 PacBio SMRT 시퀀싱데이터를 사용하였습니다. |
뉴런에서 아밀로이드 전구체 단백질을 암호화하고 알츠하이머 병과 연관되어 있는 APP 유전자의 유의미한 재조합 증거를 발견했습니다.
Lee, M.-H. et al. 2018.nature
DOI : 10.1038/s41586-018-0718-6
Video Poster: Capture long-read isoform sequencing (Iso-Seq) for uncovering human isoform diversity in the brain and characterizing SARS-CoV2 viral RNAs
진핵 생물의 대부분의 유전자는 alternative
isoform을 생성하여 genome에 의해 암호화 된 단백질 및 non-coding
RNA의 다양성을 확장합니다. Short
read RNA
시퀀싱 플랫폼과 달리 PacBio SMRT sequencing의 길고 정확한 read 는 assembly 및
추론없이 전체 길이 전사체를 특성화 할 수 있습니다. PacBio isoform sequencing (Iso-Seq) 방법은 바코드 방식을 사용하여 최대 10kb 길이의 전사체에 대한 전체 길이 sequencing를 생성합니다.
Publications
HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology
HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.
