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Unlock the hidden complexity of the immune system

2021-04-28 12:57:40

 

 

 

 

SNV(Single Nucleotide Variants) 부터  구조 변이 (structural variants), isoform 및 체세포과 돌연변이에 이르기까지 감염성 질환, 암 또는 자가 면역에서 면역 반응에 영향을 미치는 모든 변이를 확인하실 수 있습니다.

 

 

     


UNLOCK THE HIDDEN COMPLEXITY OF THE IMMUNE SYSTEM




REVEAL TRUE HLA ALLELIC DIVERSITY


PacBio의 매우 정확하고 길이가 충분히 긴 HiFi sequencing으로 전체 유전자 HLA 프로파일링 분석을 할 수 있습니다.
PacBio 시퀀싱은 서열 상동성이 높거나 다형성이 큰 경우도 식별 가능하여  진정한 HLA 대립 유전자 다양성을 분석할 수 있습니다.

 

Anthony Nolan 연구팀은 조혈 세포 이식을 받은 환자의 HLA 유형을 SMRT 시퀀싱으로 분석, 생성된  초고해상도의 HLA 유형이 생존율 향상과 관련된 보다 강력한 일치를 확인했다는 새로운 연구를 발표했습니다. 

 

 

Mayor, N. P.,  et al. (2019).
DOI : 10.1016/j.bbmt.2018.12.768






B 세포는 막 결합 B 세포 수용체 (BCR)에 의해 특정 항원을 인식합니다. 기능성 BCR 유전자는 가변 (V), 다양성 (D) 및 결합 (J) 유전자 [V (D) J 재조합]의 재조합에 의해 pre-B 세포에서 조립됩니다. B 세포가 germinal center reaction에 참여할 때, 비주형 점 돌연변이는 체세포과돌연변이 (SHM)에 의해 BCR 유전자에 도입됩니다 (Rajewsky, 1996). V (D) J 재조합과 SHM은 사실상 무제한의 BCR 레퍼토리를 생성합니다.


PacBio 플랫폼은 BCR 레퍼토리에 대해 편향 없이 포괄적인 분석을 가능하게 합니다. 

 

Koning, M. T.,  et al. (2016).
DOI : 10.1111/bjh.14180





 

18 개의 IDT xGen Lock down probe, HiFi 시퀀싱 및 free software 를 사용하여 모든 diploid human KIR haplotype을 처음으로 assembly하고 phasing 분석한 사례입니다. 이 방법은 기존의 KIR 시퀀싱 방법과 달리 population 연구에 충분히 효율적입니다.  높은 정확도와 충분히 긴 길이의 HiFi read는  최대 98 %까지 동일한 유전자를 분석하는데  중요한 역할을 했습니다.

Roe, D., et al. (2020) Frontiers in Immunology
DOI : 10.3389/fimmu.2020.582927 




IGH Haplotyping with Target Capture
 

GH 서열에 대해 DNA의 target capture enrichment 후  HiFi 시퀀싱 및 iGenotyper를 사용한 분석을 진행하여  단일 런으로 여러 샘플에 대한 모든 IGH 변이체 유형의 유전자좌 전체 반수 체형 분석을 수행, 항체 반응의 인구 수준 변화를 연구 할 수 있는 기반을 마련 할 수 있습니다.

 


Rodrigues.O.L., et al. (2020) Frontiers in Immunology
DOI: 10.3389/fimmu.2020.02136
 

 

 

 

 

 

Watson, Corey T et al. (2019) Immunology and cell biology

A comparison of immunoglobulin IGHV, IGHD and IGHJ genes in wild-derived and classical inbred mouse strains.

 



Novák, Karel et al. (2019)  Archives Animal Breeding
Potential of TLR-gene diversity in Czech indigenous cattle for resistance breeding as revealed by hybrid sequencing


Zhang, Xiujuan et al. (2019) Fish & shellfish immunology

Full-length transcriptome analysis of Litopenaeus vannamei reveals transcript variants involved in the innate immune system.  

 

 

 

Deiss, Thaddeus C et al. (2019) Cellular & molecular immunology

Immunogenetic factors driving formation of ultralong VH CDR3 in Bos taurus antibodies.  



 

 


 

HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology 

 

 


HiFi read 모든 변이 유형을 감지할 있는 높은 정확도 (> 99.9 %) 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 길이(최대 25kb) 제공합니다.