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Applications and Benefits of Single-Molecule Transcriptome Sequencing

2019-06-05 11:09:49

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Schematic workflow of Iso-Seq

 

 

PacBio의 Single-molecule sequencing 기법이 Transcript sequencing 및 분석하는데 있어 다른 방법보다 몇 가지 장점을 제공한다고 서술한 논문이 발표되었습니다. 

 

같은 유전자임에도 불구하고 발달 단계나 환경요인에 영향을 받아 서로 다른 조직에서 다양한 표현형을 보이는 현상을 이해하는 데 있어서 유전자 발현 조절 및 transcript의 연구는 매우 중요합니다. RNA의 특성을 이해하기 위해 Pacbio Long-read SMRT sequencing 기법을 사용하면 full-length의 transcript를 생성할 수 있으므로 computational step에서의 오류를 줄임으로써 alternative splicing event를 정확하게 확인할 수 있고 발견하지 못했던 isoform을 찾아낼 수 있습니다. 

 

사이즈가 큰 반복구간, duplicated gene, allele-specific expression 등을 이해하는데 iso-seq이 장점을 가질 수 있으며, 기존의 gene model이나 assembly 결과를 향상시킬 수 있고 참조게놈이 없거나 불완전한 종에 대한 유전자 모델을 쉽게 만들 수 있다고 본 논문은 설명하고 있습니다.

 

 

Reviving the Transcriptome Studies: An Insight Into the Emergence of Single-Molecule Transcriptome Sequencing

Review ARTICLE  |  Front. Genet., 26 April 2019  |  https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00384 

 

* Evolution of Transcript profiling 

* PacBio Iso-seq : experimental & informatics pipeline 

* Downstream applications of Iso-seq

   - Identification of alternative splicing

   - Identification of alternative polyadenylation

   - Fusion transcript identification 

   - Single-Molecule sequencing facilitates genome annotation 

   - Single-Molecule sequencing enables Isoform phasing