NEWS & RESOURCES

EVENTS

(주)엠디엑스케이는 고객의 연구 목적에 적합한 기술과 서비스를 제공합니다.

  • home
  • NEWS & RESOURCES
  • EVENTS

Identification and Classification of Novel Bacterial Strains

2020-11-02 14:54:17
0
D-DAY

 



Identification and Classification of Novel Bacterial Strains

 


microbiome 샘플에서  새로운 박테리아 균주를 식별, 분류한다는 것은 새로운 수준의 발견입니다.  
Shoreline Complete StrainID™kit SBanalyzer™ software, & Athena™ database 는 빠르고 보다 적은 비용으로 미생물군유전체를 strain 수준으로 분석가능한 DNA sequencing assay입니다
DADA2를 특징으로하는 bioinformatics  파이프 라인과 함께 16S-ITS-23S StrainID  amplicon에서 Amplicon Sequence Variants (ASV)를 식별하고 새로운 균주를 분류합니다.


이번 웨비나에서는 West Virginia University 의과대학의 Candice Brown 박사와  Shoreline Biome 의 R&D Scientist, Eric Jackson이 분석 파이프 라인 및 결과에 대해 소개할 예정입니다.



What you'll learn:

  • Introduction to the process to get ASV's (Amplicon Sequence Variants) from StrainID sequencing
  • Visualization of ASV data
  • How to use ASV's to assign strains to novel bacteria
  • Brief discussion of the biological relevance of the results


Date & Time :
2020년 11월 13일 오전 1시 (한국시간)

Speakers :

Candice M. Brown, Ph.D., 
Assistant Professor, Department of Neuroscience and Rockefeller Neuroscience Institute, West Virginia University School of Medicine


Eric Jackson,
R&D Scientist, Shoreline Biome




* 웨비나에 등록하시면 추후 레코딩으로 다시 보실 수 있습니다.




Shoreline Complete Strain ID™ Kit


미생물 집단이 인간의 건강에 어떻게 영향을 미치는지 보다 더 잘 이해하기 위해 서는 Strain 수준의 미생물 프로파일링이 필요합니다.

rRNA gene amplicon을 이용한 미생물 프로파일링은 빠르고 적은 비용으로 할 수있어 널리 알려진 방법이지만, 현재 사용되고 있는 short-read 16S rRNA 방법은 일반적으로 근접한 연관 관계에 있는 변종을 구별할 수 없습니다. 

“Shoreline Complete Strain ID Kit”는 16S-23S long amplicon을 구성하여 PacBio사의 Sequel system에 적용, High throughput으로 빠르게 rRNA 유전자를 분석, Strain 수준의 분류를 할 수 있습니다.

Lysis 부터 DNA추출, 긴 amplicon primers 및 database를 포함한 분석 소프트웨어까지 제공함으로써 근접 관계에 있는 미생물 strain도 구별할 수 있습니다.