Identification and Classification of Novel Bacterial Strains
microbiome 샘플에서 새로운 박테리아 균주를 식별, 분류한다는 것은 새로운 수준의 발견입니다.
Shoreline Complete StrainID™kit 와 SBanalyzer™ software, & Athena™ database 는 빠르고 보다 적은 비용으로 미생물군유전체를 strain 수준으로 분석가능한 DNA sequencing assay입니다.
DADA2를 특징으로하는 bioinformatics 파이프 라인과 함께 16S-ITS-23S StrainID amplicon에서 Amplicon Sequence Variants (ASV)를 식별하고 새로운 균주를 분류합니다.
이번 웨비나에서는 West Virginia University 의과대학의 Candice Brown 박사와 Shoreline Biome 의 R&D Scientist, Eric Jackson이 분석 파이프 라인 및 결과에 대해 소개할 예정입니다.
What you'll learn:
- Introduction to the process to get ASV's (Amplicon Sequence Variants) from StrainID sequencing
- Visualization of ASV data
- How to use ASV's to assign strains to novel bacteria
- Brief discussion of the biological relevance of the results
Date & Time :
2020년 11월 13일 오전 1시 (한국시간)
Speakers :
Candice M. Brown, Ph.D.,
Assistant Professor, Department of Neuroscience and Rockefeller Neuroscience Institute, West Virginia University School of Medicine
Eric Jackson,
R&D Scientist, Shoreline Biome
* 웨비나에 등록하시면 추후 레코딩으로 다시 보실 수 있습니다.
Shoreline Complete Strain ID™ Kit
미생물 집단이 인간의 건강에 어떻게 영향을 미치는지 보다 더 잘 이해하기 위해 서는 Strain 수준의 미생물 프로파일링이 필요합니다.
rRNA gene amplicon을 이용한 미생물 프로파일링은 빠르고 적은 비용으로 할 수있어 널리 알려진 방법이지만, 현재 사용되고 있는 short-read 16S rRNA 방법은 일반적으로 근접한 연관 관계에 있는 변종을 구별할 수 없습니다.
“Shoreline Complete Strain ID Kit”는 16S-23S long amplicon을 구성하여 PacBio사의 Sequel system에 적용, High throughput으로 빠르게 rRNA 유전자를 분석, Strain 수준의 분류를 할 수 있습니다.
Lysis 부터 DNA추출, 긴 amplicon primers 및 database를 포함한 분석 소프트웨어까지 제공함으로써 근접 관계에 있는 미생물 strain도 구별할 수 있습니다.
rRNA gene amplicon을 이용한 미생물 프로파일링은 빠르고 적은 비용으로 할 수있어 널리 알려진 방법이지만, 현재 사용되고 있는 short-read 16S rRNA 방법은 일반적으로 근접한 연관 관계에 있는 변종을 구별할 수 없습니다.
“Shoreline Complete Strain ID Kit”는 16S-23S long amplicon을 구성하여 PacBio사의 Sequel system에 적용, High throughput으로 빠르게 rRNA 유전자를 분석, Strain 수준의 분류를 할 수 있습니다.
Lysis 부터 DNA추출, 긴 amplicon primers 및 database를 포함한 분석 소프트웨어까지 제공함으로써 근접 관계에 있는 미생물 strain도 구별할 수 있습니다.