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마에서 인삼까지 수세기동안 사용된 약용식물의 기능적 특성을 이해하기 위해서 genome mining연구가 지속되어 왔습니다. Drug Discovery World magazine에 소개된 PacBio SMRT sequencing을 적용하여 진행된 약용식물의 유전자분석 사례를 살펴보세요. 

1. Marijuana mysteries

2011년 발표된 short read를 이용한 삼 속(Cannabis)의 첫번째 genome assembly는 단편이 매우 많았으나 최근 PacBio SMRT sequencing을 이용하여 보다 향상된 genome이 발표되었습니다.

2. Bittersweet success 

쑥 속(Artemisia) 식물에서 추출할 수 있는 아르테미시닌은 말라리아에 대항하는 물질로 알려져 있습니다. PacBio의 long read와 transcriptome 분석 등으로 고품질의 draft assembly가 발표되었습니다. 

3. Where none have gone before

감기 또는 위통 등에 사용되어 온 초피나무 속 식물들은 다양한 phytochemical을 생성합니다. 강원대 최익영교수 연구팀에서는 유전자발현 조절에 관련된 mechanism과 gene function data를 얻고자 PacBio long read를 이용한 whole transcriptome sequencing을 진행하였습니다. 

4. A case for Ginseng

아시아의 가장 오래되고 활용도가 높은 약용식물인 인삼에 대하여 서울대 양태진교수 연구팀은 PacBio system을 활용하여 whole genome sequencing과 transcriptome analysis를 진행, ginsenoside의 synthesis pathway에 관련된 중요 유전자를 확인하였습니다.

A modern approach to herbal healing mining plant genomes 

Volume 20 issue 2, Drug Discovery World Spring 2019