PUBLICATION NEWSLETTER 제 28 호ㅤ
다양한 질병의 치료를 위해 고려되어 온 CRISPR 유전자 편집에 대한 새로운 논문이 발표되어 소개드립니다.
이 논문에서는 CRISPR 유전자 편집이 초래할 수 있는 off target effect에 대한 문제점을 강조하고 있습니다. Off target effect에 의한 손상을 최소화 하기 위해 편집효소, 보다 섬세한 확인방법, 효과적인 전달방법등을 발전시켜왔고, 대부분의 on-target CAS9 의 activity가 20개 염기쌍 미만의 삽입 또는 결실로 국한되고 더 복잡한 결실은 드물다고 생각하였습니다. 그러나 이번 연구에서는 이런 CRISPR 절단 방법이 얼마나 많은 수정을 초래할 수 있는지를 PacBio SMRT sequencing을 이용하여 확인하였습니다.
Single-guide-RNA CRISPR 실험은 매우 특이적으로 작용하여 작은 부분의 Genome을 편집하도록 디자인 되어있습니다. 그러나 DNA repair mechanism이 CRISPR 절단 부위에 어떻게 작용하느냐에 따라 결실이 커지는 등 다양한 결과를 초래할 수 있습니다. 때문에 연구진들은 다양한 CRISPR guide RNA 들이 해당부위에 제대로 작용되었는지 확인하기 위해서, 5.7 kb amplicon과 long read sequencing 기법의 Pacbio platform을 이용하였습니다. 그 결과 모든 절단 가능 부위를 분석할 수 있었고 Short read 기법으로는 확인할 수 없던 좀더 넓은 범위 결실 및 재배열을 확인하였습니다.
Long read sequencing은 하나의 guide RNA에서 초래되는 편집에 대하여 보다 종합적인 시각을 갖도록 도울 수 있습니다.
Letter | Published: 16 July 2018
Michael Kosicki, Kärt Tomberg & Allan Bradley
Nature Biotechnology
